實行綜合計算工時工作制員工實行計件工資制，其超過綜合計算周期的總的法定工作時間的部分，要按計件單價工資的150%支付工資報酬。法定休假日安排職工工作的，按300%支付職工工資報酬。對于實行綜合計算工時工作制員工，采取集中工作、集中休息、輪休調休等方式，以確保職工的身體健康和生產、工作任務完成。

按勞部發[1994]503號文件規定，可以實行綜合計算工時工作制的職工也有三種：

(一)交通、鐵路、郵電、水運、航空、漁業等行業中因工作性質特殊，需連續作業的職工;

(二)地質及資源勘探、建筑、制鹽、旅游等受季節和自然條件限制的行業的部分職工;

(三)其他適合實行綜合計算工時工作制的職工。