推行綜合性測算時間工時制度的因疫情防控必須加班加點的，在法定節假日加班加點的依照300%付款加班費；別的時間則需看在整體測算期內是不是超出上班時間數量，沒有超出的無需付款加班費，超出的則依照增加上班時間付款150%的加班費。
《勞動部關于職工工作時間有關問題的復函》（勞部發〔1997〕272號）第七條要求，“推行綜合性測算時間工時制度的公司，在整體測算期內內，假如員工在具體上班時間數量超出該期限的標準規定上班時間數量，超出一部分應視作增加上班時間。假如在全部綜合性測算時間內的具體上班時間數量不超過該期限的標準規定上班時間數量，僅僅該綜合性測算時間內的某一實際日（或周、或月、或季）超出標準規定上班時間，其超出一部分不可視作增加上班時間。”除此之外，該復函第五條要求：“在其中法律規定請假日分配員工工作中的，按《勞動法》第四十四條第三款的要求付款薪資酬勞。”