個人所得稅專項扣除不是扣工資。

專項附加扣除指的是，在計算綜合所得應納稅額時，除了5000起征點和“三險一金”等專項扣除外，還允許額外扣除的項目，如子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或住房租金，以及贍養老人等專項附加扣除等六項費用。專項附加扣除于2019年1月1日起施行，折算到月收入的個稅計算方式如下：

月度收入-5000元起征點-專項扣除三險一金等-專項附加扣除-依法確定的其他扣除=應納稅所得額

因此，實發工資=應發工資-各項扣款（包括責任扣款和法定扣款）。

法律依據：

《個人所得稅專項附加扣除暫行辦法》

第二條　本辦法所稱個人所得稅專項附加扣除，是指個人所得稅法規定的子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等6項專項附加扣除。

第三條　個人所得稅專項附加扣除遵循公平合理、利于民生、簡便易行的原則。

第四條　根據教育、醫療、住房、養老等民生支出變化情況，適時調整專項附加扣除范圍和標準。