9月工資10月底發放計稅按5000元起征點計稅。

根據《個人所得稅法》第6條應納稅所得額的計算：

（一）居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額。

（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元后的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。

（三）經營所得，以每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，為應納稅所得額。

（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。

（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用后的余額，為應納稅所得額。

（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。

勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用后的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。

個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。

本條第一款第一項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的范圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體范圍、標準和實施步驟由國務院確定，并報全國人民代表大會常務委員會備案。